ARLEQUIN dosyaları, Profile ve Data bölümleri olmak üzere 2 ana bölümden oluşmaktadır.
- Profile Bölümü
- Data Bölümü
- o Haplotip Listesi (Opsiyonel)
- o Genetik Veri Matrisleri (Opsiyonel)
- o Örnekler (Zorunlu)
- o Genetik Yapı (Opsiyonel)
- o Mantel Testleri (Opsiyonel)
Profile bölümünün başladığını belirtmek için satır başında “[Profile]” ifadesi kullanılır. ARLEQUIN dosyaları içindeki “Profile” bölümünde başlık, popülasyon sayısı, veri tipi, haplotip ya da genotip bilgisi, gametik safhası, resesif bilgisi, eksik veriler (missing data) için kullanılan karakter, lokus ayıraç karakteri gibi çeşitli bilgiler bulunmaktadır. “Data” bölümünde ise popülasyon adı, popülasyona ait birey sayısı, popülasyona ait veriler ve grup sayısı gibi bilgiler yer almaktadır.
“Data” bölümünün başladığını belirtmek için satır başında “[Data]” ifadesi kullanılır. ARLEQUIN dosyaları içindeki “Data” bölümünde, analiz edilmesi için çeşitli veriler vardır. “Data” bölümünün alt bölümü olan “Samples” içinde popülasyon sayısı, popülasyona ait birey sayısı bulunur. Ayrıca “SampleData” ifadesinden sonra gelen küme parantezleri ({}) içinde popülasyona ait veriler yazılır.
Resim 1: ARLEQUIN Dosya Formatı Görünümü
ARLEQUIN dosyaları içinde hem haplotip, hem de genotip çeşitlerindeki veriler kullanılabilir. Haplotip bir veya daha fazla lokusdaki allellerin birleşiminden oluşmaktadır.
Resim 2: Haplotipik RFLP Verisi Görünümü
Resim 3: Haplotipik STANDARD HLA Verisi Görünümü
Resim 4: Genotipik DNA Sekans Verisi Görünümü
Resim 5: Genotipik Mikrosatelit Verisi Görünümü
ARLEQUIN dosyaları “.arp” uzantılıdır. ARLEQUIN dosya formatları içerisinde SSR/MICROSAT, DNA, RFLP, SNP ve Frequency dosya tiplerinden herhangi birisi haploit ve diploit olarak bulunabilir. ARLEQUIN interleaved (aralıklı) verileri desteklemez. Haplotipik, genotipik ya da Distance verilerin hepsi tek satırda yazılmalıdır. Her satırda maksimum 100.000 karakter kullanılabilir. ARLEQUIN dosya formatı içinde diyez (#) karakterinden sonra gelen her şey yorum olarak kabul edilir ve sadece bilgi amaçlıdır. Bu çalışmada ARLEQUIN dosya formatının çevrileceği dosya formatları GENEPOP, STRUCTURE, MEGA, PHYLIP, FASTA ve NEXUS dosya formatlarıdır.
Resim 6: ARLEQUIN Yorum İfadesi Görünümü
