Biyoinformatik dünyasına kaliteli, özgün ve Türkçe içerikler kazandırmayı hedefleyen bir platform..

HapMap dosyası, 11 bilgilendirme sütunundan sonra SNP bilgilerini içerir. İlk satır, numunelerin başlık etiketlerini içerir ve her ek satır, tek bir SNP ile ilişkili tüm bilgileri içermektedir. İlk 11 sütun sırasıyla:

1. rs# - SNP tanımlayıcısı
2. alleles - NCBI veritabanı dbSNP'ye göre SNP alelleri
3. chrom - SNP'nin eşlendiği kromozom
4. pos - SNP'nin kromozom üzerindeki ilgili konumunu
5. strand – DNA zincirindeki SNP’nin yönü. Referans genoma göre (+) veya (-)
6. assembly# - NCBI’den referans dizisinin sürümü
7. center - Genotipleri üreten genotipleme merkezinin adı
8. protLSID - HapMap protokolü tanımlayıcısı
9. assayLSID - Genotipleme için kullanılan tanımlayıcı HapMap tahlili
10. panelLSID - Genotipli bireylerin paneli için tanımlayıcı
11. QCcode - Tüm girişler için kalite kontrolü

Resim 1: HapMap(*.txt) Dosya Formatı Görünümü

Kaynaklar

1. http://augustogarcia.me/statgen-esalq/Hapmap-and-VCF-formats-and-its-integration-with-onemap/