Needleman-Wunsch algoritması biyoinformatikte, protein veya nükleotit dizilerini(sekanslarını) hizalamak için kullanılan bir algoritmadır. Saul B. Needleman ve Christian D. Wunsch tarafından geliştirilmiş olup, 1970'te yayınlanmıştır.
Örnek Nükleotid Dizileri
Turkey AAGCTNGGGC ATTTCAGGGT GAGCCCGGGC AATACAGGGT AT
Salmo gair AAGCCTTGGC AGTGCAGGGT GAGCCGTGGC CGGGCACGGT AT
H. Sapiens ACCGGTTGGC CGTTCAGGGT ACAGGTTGGC CGTTCAGGGT AA
Chimp AAACCCTTGC CGTTACGCTT AAACCGAGGC CGGGACACTC AT
Gorilla AAACCCTTGC CGGTACGCTT AAACCATTGC CGGTACGCTT AA
Örnek Amino Asit Dizileri
Human N D D C E L C V N V A C T G C L
Opossum Q E D C E L C I N V A C T G C
Rat/mouse T D E C E L C I N V A C T G C
Guinea Pig N D E C E L C V N I A C T G C
Porcine G D D C E L C V N V A C T G C S
Dizi hizalamasının amacı, genomda homolog, yani benzer dizileri bulmak ve ardından bu diziler arasında ortaya çıkan boşluklardan temel mutasyonları bulmaktır.
Needleman-Wunsch algoritmasında, hizalanacak iki dizi, bir matrise yerleştirilerek içindeki benzerlikler ve benzer olmayan durumlar skorlanır. Son olarak, bu skor puanlarına göre optimum hizalama elde edilir.
Needleman-Wunsch algoritması için, hizalanacak dizilerin uzunluklarının birbiriyle aynı veya yakın uzunlukta olmaları gerekir.
Elimizde hizalanacak 2 adet dizi olduğunu varsayalım ve bunu Needleman-Wunsch algoritmasına göre hizalayalım.
Hizalanacak Örnek Diziler
Doktora sırasında hazırladığım bir sunum üzerinden devam etmek istiyorum.
Sunuma Git
