Biyoinformatik dünyasına kaliteli, özgün ve Türkçe içerikler kazandırmayı hedefleyen bir platform..

R » Robert Gentleman ve Ross Ihaka adlı iki istatistikçi tarafından yazılmış, özel fonksiyonlar ve paketler yardımıyla kolay bir şekilde veri analizi, hesaplama, grafik gösterimi ve istatistiksel çıkarım yapmak için tasarlanmış yazılım geliştirme ortamı ve programlama dilidir.

R kodları yazmak için öncelikle R daha sonra R-Studio kurmalısınız. Kodlarınızı yazmak için Editör olarak R Studio kullanabilirsiniz. R Studio'yu, eğer daha önceden yüklü ise Anaconda üzerinden de kullanabilirsiniz.

R Download https://cran.r-project.org/

R-Studio Download  https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

R-Studio Kısayolları

Değişken Tanımlama

x=5
x #x'i çağırmak için

Atama Operatörü

y <- 5
y #y'i çağırmak için

Dört İşlem

x <- 15
y <- 3
x+y #toplama 
x-y #çıkarma
x*y #çarpma
x/y #bölme

> x+y
[1] 18
> x-y
[1] 12
> x*y
[1] 45
> x/y
[1] 5

R Programlama Paket Yükleme

# Install some packages
install.packages('stringr')

R Programlama Paket Yükledikten Sonra Kullanma

# using packages
library('stringr')

Çalışma Dizini Listeleme

#çalışma dizinini öğrenme
getwd()
#"C:/Users/username/Documents"

Çalışma Dizinini Değiştirme

#Çalışma dizinini değitirir
setwd("C:/Users/username/Documents/R-dersleri")

Vektör(Seri) Tanımlama

Vektör tanımlamak için c() fonksiyonu kullanılır. Vektörlerde sadece numerik ya da sadece string değişkenler tutulabilir.

myVek <- c(5, 7, 37, 39)
myVek # Değişkeni çağırma
[1]  5  7 37 39

Liste Oluşturma

Liste tanımlamak için list() fonksiyonu kullanılır.

myList <- list(5, 7, 37, 39, 'Elma', "Armut")
myList # Değişkeni çağırma

[[1]]
[1] 5

[[2]]
[1] 7

[[3]]
[1] 37

[[4]]
[1] 39

[[5]]
[1] "Elma"

[[6]]
[1] "Armut"

Vektörlerde sadece numerik ya da sadece string(karakter) değişkenler tutulabilirken Listelerde bu değişken türleri beraber ve içi içe saklanabilir.

myList2 <-list(c(1,2,'A','B'),'Elma',"Armut", 37, 39)
myList2 #değişken çağırma(ctrl + enter)
 
[[1]]
[1] "1" "2" "A" "B"

[[2]]
[1] "Elma"

[[3]]
[1] "Armut"

[[4]]
[1] 37

[[5]]
[1] 39

Data Frame

Data Frame'ler vektörler ve listelerden farklı olarak satır ve sütunlara sahiptir. Aşağıda 3 tane vektör tanımladık ve bu vektörleri dataframe içinde birleştirelim:

yas <- c(18,25,36)
maas <- c(1800,6800,45000)
isim <- c("ali","ahmet","zeynep")
df <- data.frame(yas,maas,isim)

> df
  yas  maas   isim
1  18  1800    ali
2  25  6800  ahmet
3  36 45000 zeynep

Dikkat etmemiz gereken bir konu DataFrame birleşirirken vektörlerin eleman sayıları birbirine eşit olmalıdır.

DataFrame nesnesini, anlaşılması daha kolay olsun diye tablo halinde görebilmek için View(df) fonksiyonunu kullanabiliriz.

DataFrame sütun başlıkları bazı durumlarda karışık ve anlamsız olabilir, böyle durumlarda sütun başlıklarına yeniden değer atamak için aşağıdaki kod bloğunu kullanabiliriz.

df_baslik <- data.frame("Yaş"=yas,"Maaş"=maas, "İsim"=isim)
View(df_baslik)

Matrisler

Matrisler, Dataframe'lere benzer ancak bazı belirgin farklılıklar vardır. Matrislerde sütun isimleri yoktur, bunun yerine indisler kullanılır. Matrisler üzerinde çeşitli matematiksel işlemler yapabiliriz. Örneğin: Matris çarpımı, bölme işlemleri, çıkarma işlemleri, Diagonal alma, öz vektörünü bulma vs.

Matrisler 3 parametre alırlar, parametreler sırasıyla vektör, matris boyutları(satır ve sütun)

x <- c(1,2,3,4,5,6)
matrix(x,nrow=3,ncol=2)

[,1] [,2]
[1,]    1    4
[2,]    2    5
[3,]    3    6

Yukarıda görüldüğü gibi öncelikle sütunları doldurdu, ancak bunun tersini byrow=TRUE ile yapabiliriz. Bu şekilde öncelikle satırları dolduracaktır.

x <- c(1,2,3,4,5,6)
matrix(x,nrow=3,ncol=2, byrow=TRUE)

     [,1] [,2]
[1,]    1    2
[2,]    3    4
[3,]    5    6

Vektörlerde Eleman Seçimi

Bir vektörün elemanını seçmek için köşeli parentez[] içinde elemanın vektör içinde ki sırasını yazmamız gerekir.

x <- c("Elma","İncir","Armut","Muz","Şeftali","Portakal")
x[1]#Elma
x[2]#İncir
x[6]#Portakal

Vektör içinde 1 ve 3 dahil elemanları seçmek(1'den 3'e kadar sıralaı elemanlar)

x <- c("Elma","İncir","Armut","Muz","Şeftali","Portakal")
x[1:3]#Elma, İncir, Armut

Dizi elemanları ile çoklu(birden fazla) eleman seçimi

x <- c("Elma","İncir","Armut","Muz","Şeftali","Portakal")
x[c(1,3)]#Elma, Armut

Vektörlerde Silme ve Eleman Çıkarma

Vektörlerde çıkarma işlemini kalıcı hale getirmek için yeniden atama işlemi yapılmalıdır.

x <- c("Elma","İncir","Armut","Muz","Şeftali","Portakal")
x<-x[-2] # 2. elemanı çıkarmak için başına eksi işareti konur
x #  "Elma"     "Armut"    "Muz"      "Şeftali"  "Portakal"

Vektörlerde çoklu eleman çıkarmak:

x <- c("Elma","İncir","Armut","Muz","Şeftali","Portakal")
x<-x[c(-2,-3,-4)]
x #"Elma"     "Şeftali"  "Portakal"

Vektörlerde eleman değiştirme

İkinci eleman olan "İncir" yerine "Avakado" koyabiliriz

x <- c("Elma","İncir","Armut","Muz","Şeftali","Portakal")
x[2]<-"Avakado"
x  #"Elma"     "Avakado"  "Armut"    "Muz"      "Şeftali"  "Portakal"

Vektörlerde çoklu eleman değiştirme:

x <- c("Karınca","Sayangoz","Kirpi","İnek","Köstepek","Ayı")
x[c(1,2)]<-c("Çekirge", "Arı")
x #"Çekirge"  "Arı"      "Kirpi"    "İnek"     "Köstepek" "Ayı"  

Listelerde Eleman Seçimi

Vektörlerden farklı olarak listelerde eleman seçimi yapılırken iki tane köşeli parantez kullanılır:

myList <- list(5, 7, 37, 39, 'Elma', "Armut")
myList[[1]]#Listelerde 1. elemanı seçmek

Liste içinde bulunan bir vektörün içindeki elemanı seçmek için:

myList <- list(5, 7, 37, 39, 'Elma', "Armut",c("Adana","Erzurum","Kars"))
myList[[7]][1]#liste içinde yedinci eleman olan bir vektörün ilk elemanı seçimi #Adana

Liste Elemanlarına İsim Vermek

myList<- list("A"=c(12,13,14),"B"=c(125,26,89))

myList$A  #12,13,14

myList$A[2]  #liste içinde vektörün ikinci elemanı #13

myList[["A"]][2]  #liste içinde vektörün ikinci elemanı 13