Bir biyolojik diziyi ve bunlara karşılık gelen kalite skorlanı içermektedir. İlk olarak Wellcome Trust Sanger Institute tarafından ortaya çıkartılmıştır fakat şu an yeni nesil sekanslama(NGS-Next Generation Sequencing) cihazlarının çıktılarını saklamak için kullanılmaktadır. FASTQ dosyasında bir dizi için dört satırlık bilgi bulunmaktadır.
- Satır 1: "@" karakteri ile başlar. FASTA formatında bulunan başlık satırına benzerdir. İsteğe bağlı olarak diziyi tanımlayan bir şeyler yazılabilir.
- Satır 2: Cihazdan okunan ham diziyi içerir.
- Satır 3: "+" karakteri ile başlar. İsteğe bağlı olarak açıklama yazılabilir.
- Satır 4: 2. satırda bulunan dizinin kalite değerlerini kodlayan karakterler bulunmaktadır. Her bir baz için bir karakter bulunur.
Tablo 1: FASTQ Formatı
