NEXUS dosya formatı GDA, Paup*, Mesquite, ModelTest, MrBayes, MacClade ve Spectrum gibi çeşitli programlar tarafından kullanılmaktadır. NEXUS dosyası "#NEXUS" ifadesi ile başlar ve "END" ifadesi ile biter. “matrix” ifadesinin geçtiği satıra kadar dosya içindeki veriler ile ilgili bilgiler yer alır, bu ifadeden sonraki satırlarda birey isimleri ve genotip verileri yer alır. Genotip bilgilerin bulunduğu satırlar, birey isimleri ile başlar ve bir boşluktan sonra genotip verileri gelir. Birey isimleri tekrarlanamaz, tamamen rakamlardan oluşamaz ve birey isimleri arasında boşluk (space) kullanılamaz. Boşluk yerine alt tire (_) karakteri kullanılmalıdır. Dosya içindeki karakterler büyük-küçük harf duyarlılığına sahip değildir ve köşeli parantez ([]) içindeki bilgiler yorum olarak kabul edilir. Yorum olarak kabul edilen satırlar çevirme programları tarafından okunabilirler fakat genetik verilerin içine dahil edilmezler ayrıca hesaplamalarda kullanılmazlar. Yorum satırları içinde kayıp veri (missing data), boşluk (gap) yerine kullanılan karakterler belirtilebilirler
Resim 1: NEXUS Dosya Formatı Görünümü
Interleaved (aralıklı) ve Sequential (sıralı) olmak üzere 2 çeşit NEXUS formatı vardır.
Resim 2: Interleaved NEXUS Dosya Formatı Görünümü
Resim 3: Sequential NEXUS Dosya Formatı Görünümü
NEXUS formatının dosya uzantısı “.nex” ya da “.nxs” dir. NEXUS dosya formatları içerisinde DNA, RNA veya Protein dosya tiplerinden herhangi birisi bulunabilir. Bu çalışmada NEXUS dosya formatının çevrileceği dosya formatları ARLEQUIN, MEGA, PHYLIP ve FASTA dosya formatlarıdır.
