Biyoinformatik dünyasına kaliteli, özgün ve Türkçe içerikler kazandırmayı hedefleyen bir platform..

ENSEMBL genom anotasyon sistemi, Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü (EBI) ile The Wellcome Trust Sanger Institute tarafından ortak olarak geliştirilen ve 2000 yılında kullanıma açılan bir platformdur. İlk zamanlarda omurgalı hayvan genom analizleri için geliştirilen platform, zamanla geliştirilerek 2009 yılından itibaren bakteri, protist, mantar ve bitki genomlarını da kapsayan bir yapıya kavuşturulmuştur. Platformun en büyük avantajı ise aynı anda hem hedef genom analizine imkan tanıyan hem de başka genomlarla karşılaştırma olanağı sağlayan interaktif bir arayüze sahip olmasıdır. Platform, görsel araçlarla karşılaştırmalı genomik veri işleme imkanı da sunmaktadır.

Genom İçi Navigasyon

ENSEMBL Platformuna https://www.ensembl.org/index.html adresinden ulaşılabilir.

Farklı canlılar için farklı adreslerden erişim sağlanmaktadır:

Diğer Canlılar İçin Platform Adresleri

• Omurgalı Hayvanlar: https://www.ensembl.org/index.html
• Bitki : https://plants.ensembl.org/index.html
• Mantar: https://fungi.ensembl.org/index.html
• Bakteri: https://bacteria.ensembl.org/index.html
• Protista: https://protists.ensembl.org/index.html
• Metazoa: https://metazoa.ensembl.org/index.html

Bitkiler için https://plants.ensembl.org/index.html adresinden ulaşılabilir. Örnek bir bitki türünde, 2. kromozom üzerinde bir genin yerini ve DNA kodunu şematik olarak göstermek isteyelim. Aşağıdaki adımları izlemeliyiz.

1. Arabis alpina adlı bir bitki türü seçelim
2. 2. Kromozom üzerinde görmek istediğimiz bölge aralığı bilgisi: 2:19830714-19840714 olsun
3. gerekli bilgileri girdikten sonra Go butonuna basarak aramaya başlayabiliriz.

İlgili aramadan sonra gelen sayfadan zoom özelliğini kullanarak 2. Kromozom üzerinde daha ayrıntılı bilgiler elde edebiliriz. Bu genin görevini ve diğer özelliklerini yine bu sayfadan bulabiliriz.

1. Aranan bölgenin kromozom üzerinde ki yeri gösterilmektedir
2. Zoom araçları ile ilgili bölgeye daha detaylı bakılabilir.

Region in detail bölümünde, genom birleştirme sırasında kullanılan iskeleler(kontig=contig) de gösterilmektedir. Navigasyona yardımcı, analiz görüntüsünün resim olarak kaydedilmesine ve paylaşılmasına imkan tanıyan araçlar da bu bölümde bulunmaktadır.

Her bir genin üzerine fare ile tıklandığında açılan pop-up penceresinden genin ismi, anotasyonu ve gen ile ilgili diğer bilgiler gösterilmektedir. Anotasyon, bir gen olup olmadığına bakmak demektir.