Biyoinformatik dünyasına kaliteli, özgün ve Türkçe içerikler kazandırmayı hedefleyen bir platform..

DNA yapısında bulunan pentoz şekerindeki karbon atomlarının numarasından dolayı 5' - 3' isimlendirmesi var. Karbon numaraları 1'den 5'e kadardır.

DNA Polimeraz enzimi yapısından dolayı DNA zincirindeki serbest 3' ne nükleotid ekleyebiliyor. Sentez bu yönde ilerlemektedir. Yani sentez yönü 5' - 3' yönünde. Bir zincir 5' fosfat grubu ile sonlanırken, diğerinin 3' hidroksil ile sonlandığına dikkat ediniz.

Bir nükleotit 3 bileşenden oluşur;

1. Azot Bazı
2. Pentoz şeker (Riboz RNA'da, Deoksiriboz DNA'da)
3. Bir molekül fosfat (PO₄^-3)

Nükleotidlerin yapısında merkezi durumda bir beş karbonlu şeker, şekerin 1 No.lu karbonuna bağlı bir azotlu baz ve 5 No.lu karbonuna bağlı bir fosfat grubu bulunur. Nükleotidler birbirlerine şeker-fosfatlar aracılığıyla kovalent bağlanmışlardır.

DNA Replikasyonu

Aklınızda kalması için: DNA Polimeraz 3' den 5' e okur, 5' ten 3' e sentezler. 3' 5' İzmir'in plakası okuma oranı yüksek, 5'3' Rize'nin plakası, yeni yolları Rizeli müteahhitler yapar.

DNA'nın çift sarmal yapısında sıkça karşılaşılan 5′ (beş prime) ve 3′ (üç prime) ifadeleri, nükleotitlerde bulunan deoksiriboz şekerinin karbon atomlarının numaralandırılmasını ifade eder. Deoksiriboz şekeri beş karbon atomundan oluşur ve bu karbonlar 1′ ile 5′ arasında numaralandırılır. Nükleotitler birbirine bağlanırken bir nükleotidin 5′ karbonuna bağlı fosfat grubu, diğer nükleotidin 3′ karbonundaki hidroksil (–OH) grubu ile fosfodiester bağı oluşturur.

Bu nedenle her DNA zincirinin bir yönü vardır. Zincirin bir ucu serbest 5′ fosfat grubu ile sonlanırken, diğer ucu serbest 3′ hidroksil grubu ile sonlanır. DNA'nın iki ipliği birbirine antiparalel şekilde uzanır; yani bir iplik 5′→3′ yönünde ilerlerken, karşı iplik 3′→5′ yönünde uzanır.

DNA replikasyonu sırasında görev alan DNA polimeraz enzimi, yeni nükleotitleri yalnızca büyüyen zincirin serbest 3′ hidroksil ucuna ekleyebilir. Bu nedenle yeni DNA zinciri her zaman 5′→3′ yönünde sentezlenir. Bu özellik, öncü (leading) ve gecikmeli (lagging) zincirlerin oluşmasının temel nedenidir.