Multifactor Dimensionality Reduction (MDR), özellikle genetik ve biyoinformatik alanında kullanılan bir özellik indirgeme (dimensionality reduction) ve etkileşim keşfi yöntemidir. En çok, bir hastalığın ortaya çıkmasında birden fazla genin birlikte nasıl rol oynadığını incelemek için kullanılır.
MDR, özellikle genetik ve tıbbi veri analizlerinde kullanılan bir özellik seçme ve etkileşim keşfetme yöntemidir. Amaç, tek başına güçlü etkisi olmayan değişkenlerin birlikte oluşturduğu ilişkileri ortaya çıkarmaktır.
Klasik makine öğrenmesi yöntemleri bazen değişkenler arasındaki karmaşık etkileşimleri kaçırabilir. MDR ise çok boyutlu veriyi daha düşük boyutlu hale getirerek hangi değişken kombinasyonlarının hastalık riskiyle ilişkili olduğunu bulmaya çalışır. Bu nedenle hipertansiyon, diyabet, kanser gibi hastalık tahmin çalışmalarında kullanılabilir.
MDR, ayrık genetik ve çevresel özellikler arasındaki doğrusal olmayan etkileşimleri tespit etmek ve karakterize etmek için kullanılan, parametrik olmayan ve genetik modele dayanmayan bir alternatif yöntemdir. Logistic Regression (LR) yöntemine alternatif olarak geliştirilmiştir. Bu yöntem, bağımlı ya da sınıf değişkenini etkileyen bağımsız değişken kombinasyonlarını belirlemek amacıyla kullanılır.
Klasik istatistik bazen “tek değişkenin etkisini” iyi yakalar ama bazı durumlarda asıl önemli şey değişkenlerin birlikte davranışıdır. MDR tam burada devreye girer.
MDR ile İlgili Kavramlar
Epistasis
Genlerin birbirinin etkisini değiştirmesi.
Cross-validation
En iyi kombinasyonu seçmek için.
Balanced Accuracy
Dengesiz veri setlerinde sık kullanılır.
Kaynaklar
- https://bmjopen.bmj.com/content/3/5/e002457
- kaynak2
