Sekans hizalama DNA, RNA ya da protein dizilerinin arasındaki benzerlikleri veya farklılıkları ortaya çıkarmak için yapılmaktadır. Dizideki her bir karakter ya da karekter gruplarını, belirli bir mantık çerçevesinde karşılaştırdıktan sonra DNA ve Protein dizileri hakkında fonksiyonel, yapısal veya evrimsel bilgiler elde etmek için kullanılmaktadır.
Hizalama yaparken neden boşluk cezalandırma algoritmalarına ihtiyaç duyarız?
Sekans hizalama da en önemli konu, iki sekans arasındaki en iyi hizalamayı bulabilmektedir. En iyi hizalamayı bulabilmek için tüm olası hizalamaları listelemek gerekir. Ancak bundan sonra, hepsini karşılaştırmak ve en iyisini seçmek mümkündür. İki sekans arasındaki olası hizalama sayısı ise sekans uzunluğuna ve izin verdiğimiz boşluk sayısına bağlı olarak değişmektedir. Dolayısıyla boşluk sayılarının sıralanması ve her iki sekansta da aynı pozisyonda olmamalarına dair bir kural koymak gerekir. Çünkü aksi halde hizalamalar sonsuz uzunlukta ve mantıksız olacaktır. Ayrıca sekans boyutunun büyüklüğü düşünüldüğünde mümkün olan tüm hizalamaları denemek mantıksız ve gereksiz olacaktır.
Hizalama Programları
Hizalama programları, farklı algoritmaları kullanarak boşlukları minimize edecek şekilde hizalama yapmaktadır. Ayrıca mümkün olacak tüm hizalamaları denemek yerine, skorlama ve boşluk cezalandırma yardımıyla en kısa yöntemle en iyi hizalamayı elde etmemize olanak tanımaktadır.
Kaynaklar
- Genomik Analiz İçin BİYOİNFORMATİK Yöntemler | Muhammet ŞAKİROĞLU
