|
Protein
|
Protein Lipoprotein lipase
|
|
Gene
|
LPL
|
|
Uniprot ID
|
P06858
|
|
Organism
|
Homo sapiens (Human)
|
Yukarıda verilen protein, gen ve organizma bilgilerini kullanarak çeşitli veri tabanlarında aramalar yapabiliriz, verilen bilgileri kullanarak gen ve protein sekanslarını FASTA formatında elde edebilir ayrıca hastalıklarla olan ilişkilerini, korunmuş bölgelerini ve protein fonksiyonlarını bulabiliriz.
Şimdi sırasıyla bu işlemleri verilen bilgilere göre yapalım:
Gen Sekansı
Gen sekansını elde etmek için Gene ismini(LPL) ve NCBI veri tabanını kullanacağız. Gen adı LPL olan genin sekansını elde etmek için sırasıyla:
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ adresine gidiniz,
- Veri tabanı listesinden Gene veri tabanını seçiniz,
- Arama kutucuğuna LPL yazınız ve arama butonuna tıklayınız.
Gen adı ile arama yaptıktan sonra gelen yeni sayfada, gen sekansını FASTA formatında elde etmek için:
- Listeden LPL lipoprotein lipase [ Homo sapiens (human) ]:'i seçiniz ve kutucuğun yanındaki LPL yazan linke tıklayınız.
Gelen yeni sayfada, gen sekansını FASTA formatında elde etmek için sırasıyla:
- Sağ tarafta bulunan menüden Genomic regions, transcripts, and products seçeneğini seçiniz,
- Daha sonra FASTA formatını görüntülemek için Fasta linkine tıklayınız.
Tüm adımları sorunsuz bir şekilde tamamladıktan sonra gen sekansının FASTA formatına https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000008.11?report=fasta&from=19939253&to=19967259 sayfasından aşağıdaki gibi erişmiş olmanız gerekir.
Gen Fonksiyonu
Protein Lipoprotein lipase proteinin fonksiyonlarını bulmak için Uniport veri tabanını ve protein adını kullanacağız. İlgili proteinin fonksiyonunu bulmak için sırasıyla:
- https://www.uniprot.org/ adresine gidiniz,
- Arama kutucuğuna Protein Lipoprotein lipase yazınız ve arama butonuna tıklayınız.
İlgili proteini bularak kutucuğun yanındaki (P06858) ismi üzerine tıklayarak detaylarına bakabiliriz.
Gelen sayfadan Function sekmesine bakıyoruz.
Protein Sekansı
Protein sekansını elde etmek için Uniprot ID'sini ve uniprot veri tabanını kullanacağız. Uniprot ID'si P06858 'in protein sekansını elde etmek için sırasıyla:
- https://www.uniprot.org/ adresine gidiniz,
- Arama kutucuğuna P06858 yazınız ve arama butonuna tıklayınız.
Protein ID'si ile arama yaptıktan sonra gelen yeni sayfada, protein sekansını FASTA formatında elde etmek için sırasıyla:
- Sol tarafta bulunan menüden Sequence'i seçiniz,
- FASTA formatında dosyayı indirmek için Download butonuna tıklayınız.
Tüm adımları sorunsuz bir şekilde tamamladıktan sonra FASTA formatına erişmiş olmanız gerekir. İsterseniz dosyayı bilgisayarınıza kaydedebilir ya da kopyalayıp kullanabilirsiniz.
https://www.uniprot.org/uniprot/P06858.fasta adresinden P06858’e ait protein sekansı aşağıdaki gibi elde edilmelidir.
>sp|P06858|LIPL_HUMAN Lipoprotein lipase OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LPL PE=1 SV=1
MESKALLVLTLAVWLQSLTASRGGVAAADQRRDFIDIESKFALRTPEDTAEDTCHLIPGV
AESVATCHFNHSSKTFMVIHGWTVTGMYESWVPKLVAALYKREPDSNVIVVDWLSRAQEH
YPVSAGYTKLVGQDVARFINWMEEEFNYPLDNVHLLGYSLGAHAAGIAGSLTNKKVNRIT
GLDPAGPNFEYAEAPSRLSPDDADFVDVLHTFTRGSPGRSIGIQKPVGHVDIYPNGGTFQ
PGCNIGEAIRVIAERGLGDVDQLVKCSHERSIHLFIDSLLNEENPSKAYRCSSKEAFEKG
LCLSCRKNRCNNLGYEINKVRAKRSSKMYLKTRSQMPYKVFHYQVKIHFSGTESETHTNQ
AFEISLYGTVAESENIPFTLPEVSTNKTYSFLIYTEVDIGELLMLKLKWKSDSYFSWSDW
WSSPGFAIQKIRVKAGETQKKVIFCSREKVSHLQKGKAPAVFVKCHDKSLNKKSG
