Bazı organizmaların laboratuvar ortamında çalışma kolaylıkları göz önüne alındığında, biyologlar bu organizmalar üzerinde yoğunlaşarak temel sorunlara yanıt getirme yoluna gitmişlerdir. Model organizmalar ve veri tabanları listesi aşağıda verilmiştir. Model organizmalardan elde edilen veriler, kendi veri tabanlarında saklanmaktadır.
Model Organizma Olarak Seçilmesinde Etkenler:
- Kısa ve basit bir hayat döngülerinin olması, hayat döngüsüne ait evrelerin daha kolay incelenmesine olanak sağlar. Ayrıca büyütülmesi ve bakımı kolay olur. Basit kültür koşullarında kolay üretilen canlılar olmaları maddi açıdan kolaylık sağlamaktadır.
- Hızlı üreyen, çok sayıda döl veren ve laboratuvarda kolaylıkla yetiştirilebilen kısa ömürlü organizmalar, model organizma seçilmesinde önemli etkenlerdir.
- Model organizmalarla ilgili çok önemli bir nokta ise genlerinin insan genleriyle yakından ilişkili olmasıdır.Bu zamana kadar tanımlanmış insan hastalık genlerinin % 60 dan fazlası şaşırtıcı bir şekilde meyve sineği ve nematod genlerine benzemektedir.
3 farklı model organizma tipi vardır. Bunlar;
- Genetik Model Organizmalar
- Deneysel Model Organizmalar
- Genomik Model Organizmalar
Tablo 1: Model organizmalar ve Veri Tabanları
| Resim | Model Organizma |
|---|---|
 |
Sirke veya meyve sineği ( Drosophila melanogaster)http://flybase.org/ [https://twitter.com/FlyBaseDotOrg]20. yüzyılın başlarında ise Thomas Hunt Morgan, genlerin kromozomlar üzerinde yer aldığını meyve sineği (Drosophila melanogaster) üzerinde çalışarak göstermiştir ve bezelyeden sonra yeni bir model organizmayı literatüre kazandırmıştır. Bu canlıda sadece 4 çift kromozom vardır. 2001 yılında DNA sekansı tamamlanan meyve sineğinin, 165 milyon baz çifti ve yaklaşık olarak 14.000 geni vardır. Sinirbilim ve genetik araştırmalarında çok sık kullanılan Drosophila (meyve sineği)üzerinde yapılmış, yapay zeka ve derin öğrenme destekli bir uyku araştırması çalışmasının adı FlyVISTA'dır. |
 |
Hib bakterisi ( Haemophilus influenzae)...1995 yılında genomu yayınlanmıştır. |
 |
Ekmek mayası ( Saccharomyces cerevisiae)https://www.yeastgenome.org/[https://twitter.com/yeastgenome] 1996 yılında genomu yayınlanmıştır, genom sekansı tamamlanan ilk ökaryotik canlıdır. 12 milyon baz çiftinden oluşan genoma ve 6.000 gene sahiptir. Diğer mantarlar (fungi) gibi fotosentez yapmazlar ve sert bir hücre duvarları vardır. Nesillerini devam ettirmeleri eşeyli ve eşeysiz üreme yoluyla olur. Model organizma olarak kabul edilmesinin nedeni, diğer ökaryot organizmalara göre daha kısa yaşam döngüsüne sahiptir. Organelleri bulunur. Mayalar 2 saatte bir bölünürler ve tek bir hücreden koloni halinde çoğaltılabilirler. |
 |
Toprak kurdu ( Caenorhabditis elegans)https://wormbase.org/1998 yılında genomu yayınlanmıştır |
 |
Fare ( Mus musculus)http://www.informatics.jax.org/Genetik açıdan insana yakınlığı ile bilinen memeli bir model organizmadır. Diğer memelilere göre küçük olmaları, kolay beslenebilir olmaları, hızlı üremeleri ve hesaplı olmaları nedeniyle tercih edilmişlerdir. Laboratuvar hayvanı olarak fare, araştırmacılara, kanser, ateroskleroz, hipertansiyon, diyabet, ostoporoz ve glakoma hastalıkları gibi farelerde ve insanlarda ortak olarak görülen hastalıkları çalışma olanağı sağlamıştır. |
 |
Norveç Sıçanı, laboratuvar sıçanı ( Rattus norvegicus)https://rgd.mcw.edu/[https://twitter.com/ratgenome]. Bilimsel çalışmalarda kullanılmak üzere evcilleştirilen ilk memeli hayvandır. |
 |
E. coli veya koli basili ( Escherichia coli)https://ecocyc.org/[https://twitter.com/BioCyc] İnsan ve diğer omurgalıların kalın bağırsağında yaşayan E. coli çubuk şekilli bir bakteridir. Basit sıvı yerinde kolaylıkla kültürü yapılabilmesi ve genetik çeşitlendirmeye açık olması moleküler biyoloji alanında vazgeçilmez bir konumda olmasını sağlamıştır. 1946 yılında Lederberg ve Tatum, bakeriyel konjugasyon ile iki bakteri arasında genetik bilginin aktarımını E. coli K12 hattı ile göstermiştir. PCR sırasında kullanılan DNA polimeraz enzimi de E.coli'den izole edilmiştir. E. coli prokaryotik ve ökaryotik canlılar içerisinde halen en iyi karakterize edilen yani çalışılan bakteridir. |
 |
Fare Kulağı Teresi ( Arabidopsis thaliana)https://www.arabidopsis.org/Bitki biyolojisi ile ilgili birçok çalışmada bu küçük bitki model organizma olarak kabul görmüştür [2]. Kısa üreme dönemi, üreme verimliliği, çaprazlama kolaylığı ve mutagenez olanağı sunması özellikleriyle 1943 yılında model organizma olarak önerilmiştir. 5 çift (toplam 10) kromozoma sahiptir |
 |
Zebra balığı-Zebra fish ( Danio rerio)...... |
 |
Güney Afrika tırnaklı kara kurbağası ( Xenopus laevis )https://www.xenbase.org/entry/Bu kurbağanın dişisi, eskiden gebeliği belirleme amacıyla yapılan Hogben testinde, test hayvanı olarak kullanılmıştır. |
|
|
Amip ( Dictyostelium discoideum )...Toprakta yaşayan ve bakterilerle beslenen bir amiptir. Kısa ve basit bir hayat dmngüsünün olması,hayat döngüsüne ait evrelerin daha rahat incelenmesine olanak sağlar. Ayrıca, büyütülmesi ve bakımı kolaydır. |
 |
Bovine ( Bos taurus )https://bovinegenome.elsiklab.missouri.edu/
|
Kaynaklar
- https://academic.oup.com/nar/article/24/1/21/2360095
- Moleküler Biyoloji(Prof. Dr. Mehmet Karataş, Nobel Yayınları)
- https://calphotos.berkeley.edu/
