Biyoinformatik dünyasına kaliteli, özgün ve Türkçe içerikler kazandırmayı hedefleyen bir platform..

DNA hücrenin yönetici molekülüdür ve beslenme, solunum, üreme gibi canlılık faaliyetlerini yönetir. DNA'nın yapısında kalıtsal özelliklerimize etki eden genler bulunur.

Gen Genin birçok tanımı yapılabilir ancak özetle gen bir nükleotid dizisidir ve burada depolanan bilgilerin karakterlerde görülmesini sağlamaktadır. Gen DNA'nın bir parçalarıdır. Ancak bitki DNA'sının büyük bir kısmı gene ait dizi değildir. Gen amino asit sentezi yapan nükleotidlerdir. İşlevsel bir biyolojik ürünün(protein veya RNA) sentezi için gerekli bilgiyi içeren DNA parçasına gen denir.

Nükleotid Bir fosfat, beş karbonlu bir şeker ve bir azotlu organik bazdan oluşan kimyasal bir bileşiktir. DNA'nın yapısına katılan 4 çeşit nükleotid vardır(A, G, C, T). 3 nükleotid = 1 kod = 1 kodon = 1 antikodon = 1 amino asit

Oligonükleotid Test tüpünde sentezlenen genellikle 50 nükleotitten az, tek zincirli kısa DNA molekülüdür.

Kod DNA'daki üçlü nükleotid dizilimine denir.

Kodon mRNA daki üçlü nükleotit dizilimine denir.

Antikodon tRNA nın ribozomda bulunan mRNA ya bağlandığı kısımdaki üçlü baz şifresine denir.

Genetik Şifre DNA'daki 3'lü baz dizilerine genetik kod(genetik şifre) denir.

Karekter Canlılarda ortaya çıkan özellikler karakter olarak isimlendirilmektedir. Örneğin göz rengi bir karakterdir ve allel genler sayesinde belirlenmektedir.

Kromozom DNA(genetik materyal), RNA ve özel proteinleri içeren kromatin iplikçiklerden oluşan yapılardır. Genetik materyalin proteine sarılmış halidir.

Homolog kromozom biri anneden diğeri babadan gelen, şekil ve büyüklük bakımından aynı ve aynı karaktere etki eden kromozomlardır.

Tetrat Mayozun profaz evresinde homolog kromozom çiftlerinin yan yana gelerek oluşturduğu, dört kromatitden oluşan yapıdır.

Kromatit bir kromozomun uzunlamasına sentromer ile tutturulmuş iki yarısından her biri.

Lokus Genin kromozom üzerinde kapladığı fiziksel alana verilen isimdir. Bir genetik belirtecin(markör) ya da bir genin kromozom üzerindeki konumudur.

Sentromer kromozomların her iki kolu üzerinde bağlantıyı sağlayan, daralmış bölgedir.

Telomer her bir DNA sarmalının ucunda bulunan ve kromozomları koruyan parçalardır.

Crossing Over Mayoz I evresinde kromozomların birbiri üzerine kıvrılıp gen alışverişi(parça-değişimi) yapmalarına denir.

Histon DNA'yı saran proteinin adı.

Kromatin İplik Profazda kısalıp kalınlaşarak kromozom olan, kısa ve kalın halde görünen kromatin ipliğe kromozom denir.

Promotor RNA polimerazın, genin transkripsiyonunu başlatmak için bağlandığı spesifik DNA dizinine verilen isimdir. Bir genin önünde bulunan nükleotid dizisi olup, genin nereden, ne zaman ve hangi uzunluğa kadar kopyalanacağını belirler. RNA Polimeraz enzimi promotoru tanır ve ona bağlanır, böylece genin kopyasını başlatır. Özellikle Ökaryot hücrelerde her genin ilgili bir promotör bölgesi vardır.

Anotasyon Anotasyonuna bakıp bir gen olup olmadığına karar veririz.

Genetik Bağlantı(linkaj) Aynı kromozom üzerinde taşınan genlerin birlikte kalıtılması.

DNA Polimeraz mevcut bir DNA ya da RNA kalıbına komplementer olan yeni polinükleotidleri sentezleyen enzimlerdir.

TATA kutusu genlerin promotor bölgesinde var olan kısa nükleotid dizisi

İntron ve Ekzon bir gen içerisindeki anlamlı bölgeler yani proteine karşılık gelen bölgelere ekzon, anlamsız bölgeler ise intron olarak adlandırılmaktadır.

PCR Polimeraz Zincir Reaksiyonu, bir DNA molekülünün seçilen bir bölgesinin kopyasının oluşturulmasında kullanılır.

Genom Herhangi bir organizmadaki genomik DNA'nın tamamı, o organizmanın genomunu oluşturur.

Transkriptom Herhangi bir organizmadaki toplam mRNA'dır.

Proteom Bir organizmadaki bütün proteinler, o organizmanın proteomu olarak nitelendirilmektedir.

Prokaryotlar Tanımlanmış bir çekirdeğe ve hücresel kompartımanlara sahip olmayan organizmalardır. Bakteriler prokaryotlara dahildir.

Bakteriyofaj Bakteriyofajlar ya da yaygın olarak bilinen fajlar, bakterileri spesifik olarak enfekte eden virüslerdir.

E. coli Genelde E. coli veya koli basili olarak bilinen Escherichia coli, memeli hayvanların kalın bağırsağında yaşayan bakteri türlerinden biridir.

Popülasyon Birbiriyle üreyebilen, dışarıdan izole gruplardır.

Allel Biri anneden diğeri babadan gelen ve aynı karaktere etki eden gen.

Popülasyon Genetiği bir popülasyondaki genlerin(allellerin) ve genotiplerin frekans değişimini araştırır.

Seleksiyon Doğal popülasyona etki eden ilk etkendir. Çevreye uygun olanlar seçilir. Örnek: Kutup Ayısı

1. Doğal Seleksiyon
2. Yapay Seleksiyon(Bitki Islahı)

Mutasyon Bir allelin yerine yeni bir allel gelmesi, gendeki değişiklikler. Mutasyon genetik materyaldeki kalıtsal değişikliklerdir.

Migrasyon(Göç) Komşu bir popülasyon ile aralarında gen akışı.

Genetik Drift Genetik sürüklenme, gen ve allel frekanslarının nesilden nesile artıp azalması.

İzolasyon Ayrılma, tecrit

Tercihli Eşleşme Pozitif tercihli eşleşme ve Negatif tercihli eşleşme

1. Pozitif p²+q² fazla, 2Pq az (Akraba evliliği)- Heterozigotluk az
2. Negatif 2Pq fazla, (Birbirinden uzak eşlerin evlenmesi)- Heterozigotluk fazla

Inbreeding(Kendileşme) Kendine genetik olarak en yakın ile eşleşme(selfing-bitkilerde)

Panmictic Popülasyon HW'ye göre beklenen ve gözlenen değerer aynıdır. Alt popülasyonlaşma yoktur. Rasgele çiftleşme vardır. Kümeleşme yoktur, Structure programına göre k=1 gibi düşünülebilir.

Wahlund Etkisi Alt popülasyonun neden olduğu bir popülasyonda heterozigotluğun azalmasıdır.

Gen otosposu veya Gen hitch-hiking Tek bir genin seleksiyonunu yaparken yanında diğer genlerin de gelmesi

Polimorfizm Bir popülasyon içinde birden fazla çeşidin bulunmasına denir, çok tür.

IBI Bir bireyin DNA'sının farklı bireyler üzerinden sonraki nesilerde bir araya gelme ihtimali

Sibling Kardeş

Ful-sib Öz kardeş

Half-sib Üvey kardeş

Santral Dogma DNA’nın kendini eşlemesi(Replikasyon), DNA’dan RNA üretilmesi(Transkripsiyon) ve mRNA'dan protein sentezlenmesi(Translasyon) sürecinin tamamına verilen isimdir.

Transkripsiyon mRNA sentezi

Apoptoz Hücrenin programlı kendini öldürmesi

Transformasyon Bir bakterinin çevresinden çıplak DNA alma işlemidir.

cDNA Tamamlayıcı DNA veya komplementer DNA. Ters transkriptaz enzimiyle katelizlenen bir reaksiyonda şablon olarak kullanılan olgun bir mRNA'dan sentezlenen DNA parçasına verilen addır. cDNA, mRNA molekülünün çift zincirli DNA parçasıdır. cDNA genellikle ökaryot genlerini prokaryotlara klonlamada sıklıkla kullanılır.

Plazmid Kendi kendini eşleyebilen, kromozomlardan ayrı bir DNA parçasıdır. Tipik olarak dairesel ve çift sarmallıdır. Genelde bakterilerde, bazen de ökaryotlarda bulunur. Plazmidlerin boyu 1 ile 400 kilobaz çifti arasında değişir.

Protein Docking Proteine bir şeyin yapışması

Protein Folding Protein katlanması

Tür Ortak bir atadan gelen, kendi aralarında çiftleşebilen ve verimli(kısır olmayan) yavrular oluşturan bireyler topluluğuna denir.

Azot Fiksasyonu(Azot bağlanması) atmosferdeki azotun amonyağa dönüşmesidir. Azot molekülü aktif bir molekül değildir, kolay kolay kimyasal reaksiyon göstermez. Doğal ya da sentetik azot bağlanması hayvanlar, bitkiler ve diğer canlı formlar için gerekli olan azotu kullanabilecek duruma çevirir. Bu azot RNA, DNA ve proteinin yapı taşı olan amino asitlerde kullanılır. Bu yüzden ziraat ve gübre üretiminde bu olay önemli yer tutar. Bunun yanında patlayıcı üretiminde de kullanılır. Azot bağlanması yıldırım anında doğal olarak da oluşabilir.

Bakteriler atmosferik azotu asimile eder ve öldüklerinde bitkilerin kullanımı için serbest bırakırlar. Bitkiler havadaki azotu alıp toprağa koyamaz ancak bitkiler yaşamak için topraktaki nitrojene ihtiyaç duyarlar.

Somatik hücre bir organizmanın vücudu oluşturan herhangi biyolojik bir hücre. Somatik hücre, çok hücreli bir organizmada, üremeyle ilgili olan gamet, germ hücresi, gametosit veya farklılaşmamış kök hücre dışındaki diğer tüm hücrelere verilen isimdir.

Germ Hücresi Germ hücreleri cinsiyet hücreleri olarak bilinmektedir. Germ hücresi, eşeyli üreyen bir organizmanın gamet oluşturmasına olanak veren herhangi bir biyolojik hücreye verilen isim. Ökaryot hücrelerden oluşan bir canlı, somatik hücreler ve germ hücrelerinden ibaret olmak üzere iki tip hücre içermektedir.

Ploidi genetik materyal setinin o hücrede kaç farklı türü yani kaç takım halinde olduğunu gösteren ölçü birimidir. n, 2n, 3n... şeklinde gösterilir.

Karyotip Analizi Canlıların kromozomlarının büyüklüklerine ve şekillerine göre çiftler halinde dizilmesine denir. Bu yöntemle bir kromozomda bir bozukluk, eksiklik ya da fazlalık varsa tespit edilebilir.

Monohibrit Çaprazlama Bir türün sadece bir karakteri üzerinde çaprazlamaları ya da ek bir karakter bakımından fark gösteren varyeteler arasında yapılan çaprazlamaları kapsamaktadır.

Dihibrit Çaprazlama İki karakter bakımından fark gösteren varyeteler arasında yapılan çaprazlamaları kapsamaktadır.

Fosfodiester Bağı Fosfat bağları iki şeker molekülünü birbirine ester bağları ile bağlar, bu bağ fosfodiester bağı olarak adlandırılır.

Kodominant Heterozigot koşullarda bulunduklarında farklı ürün meydana getiren, diğer bir deyimle fenotipik etkilerinde bağımsız hareket eden iki allele kodominant denir.

Amplifikasyon DNA parçalarını çoğaltmak. Örneğin Sanger dizileme yöntemine başlamadan önce DNA'nın çoğaltılması(amplifikasyonu) gerçekleştirilir.

DNA dizilemesi bir DNA molekülündeki nükleotit bazlarının (adenin, guanin, sitozin ve timin) sırasının belirlenmesidir.

Vektör Genetik mühendislikte kullanılan plazmidlere vektör denir. Bir canlıdan diğerine gen aktarımı için kullanılırlar. Vektör, ilgili geni çoğaltma ve ekspresyon için hedef hücreye taşıyan bir araç görevi görür.

Primerler kopyalamak istediğiniz DNA bölümünün her iki tarafına bağlanacak şekilde tasarlanmış, PCR reaksiyonunu başlatmak için kullanılan kısa DNA dizileri. Ortalama 20-25 nükleotid uzunluğundadırlar.

Restriksiyon enzimi DNA’yı belirli bir noktadan kesen enzim. Örneğin istediğimiz bir geni DNA içinden bu enzim sayesinde kesip alabilir ve başka amaçlar için kullanabiliriz.

Linkage Hangi gen nerede bulunuyor

Contig(Kontig) Bir kromozomun üst üste çakışma gösteren, klonlanmış farklı DNA parçaları grubu.

Substrat Enzimlerin etki ettiği maddeye denir.

Evrim Bir popülasyondaki kalıtsal özelliklerdeki değişmeye evrim denir.

Homolog Dizisi büyük oranda başka bir gene benzeyen gen. Bu genlerin ortak bir ataya sahip olduğu ve benzer fonksiyonlar taşıdığı düşünülür. Aynı atadan gelen genlerdir. Ortolog ve paralog genler aynı zamanda homolog genlerdir.

Parolog Aynı tür içinde, gen dupliklasyonu sonucu oluşmuş homolog diziler. Aynı tür içinde farklı işlev yapan genler, dublikasyon ile meydana gelir. Hemoglobin ve miyoglobini kodlayan genler, paralog genleridir. Hemoglobin; kan dolaşımında dokulara oksijen taşıyıcı olarak rol alır. Miyoglobin, oksijenin kas hücrelerinde depolanmasında rol alır.

Ortolog Ortak bir atadan geldikleri düşünülen, benzer bir fonksiyonu olabilen, farklı türlere ait homolog diziler. Farklı türlerde aynı işlevi yapan genler, türleşme ile meydana gelir. Örnek: İnsan ve farenin sindirim kanallarındaki serin proteaz.

Domain(domayin) Bir protein içerisinde bulunan ve kendine ait bir fonksiyona sahip bölüm. ZFN’ ler DNA’ya spesifik olarak bağlanan bir domain (binding= bağlanma domaini) ve bir nükleaz (cleavage=kesim) domaini olmak üzere iki kısımdan oluşmaktadır. Bir proteinin bağımsız olarak katlanabildiği ve çalışılabildiği kabul edilen parçası olarak da tanımlanabilir.

Motif Protein dizisi içinde kısa, korunmuş bir bölge. Motifler genellikle domainlerin yüksek derecede korunmuş bölgeleridir. Motif(desen), birbiriyle alakalı nükleotid veya protein dizilerindeki korunmuş bölgeler.

Intergen(intergen) Genler arası bölgeler, kodlama yapmayan intronlar.

Adaptör Dizisini bildiğimiz primerler

Ligasyon DNA parçacıklarını adaptörle birleştirme

Yolak Proteinler arasındaki işlevsel ağ(Pathway).

dNTP Serbest nükleotidler, PCR'da kullanılırlar.