Tüm doktora adayları için yeterlilik sınavı, oldukça fazla öneme sahiptir. Bundan dolayı daha önce sorulmuş ya da sorulması muhtemel bazı sınav sorularını sizlerle paylaşmak istiyorum. Konular: Temel Biyoloji, Moleküler Biyoloji, Genetik, Popülasyon Genetiği, Biyoinformatik, Biyoistatistik, Biyolojik Veri Tabanları, Biyoinformatik Analiz Araçları, İstatistik ve Olasılık, Çeşitli algoritmalar, Yazılım, Veri Bilimi vs.
Doktora yeterliliğime hazırlanırken her soruya ayrı ayrı yazı hazırlamıştım, dilerseniz soruların cevaplarına ilgili linkler yardımıyla göz atabilirsiniz. Size sorulan sorular aşağıdaki sorular gibi temel seviyede olmayacak tabi ki, önce temel seviye başlanır sonra daha çok yorum ve ifade edebilme yeteneğiniz test edilir. Ayrıca başlamadan önce, kısa kısa tanımlar ve terimler için sözlükçe sayfasına bir göz atmanızı öneririm.
- Biyoinformatik nedir? Diğer bilimlerle ve bilgisayar ile ilişkisi nedir?
- Biyoinformatik ve Hesaplamalı Biyoloji aynı şey midir?
- Son yüzyılda artan biyolojik veri ne tür problemleri beraberinde getirmiştir? Sizin buna çözüm öneriniz ne olabilir?
- Son Nobel Ödülünü kim aldı? Hangi çalışma ile bu ödülü kazandı açıklayınız.
- Aziz Sancar hangi çalışması üzerine Nobel ödülü kazanmıştır? Açıklar mısınız.
- DNA ve RNA arasındaki farklar nelerdir?
- Ökaryot ve Prokaryot Arasındaki Farklar nelerdir?
- Bitki ve hayvan hücreleri arasındaki farklar nelerdir?
- Hücre Zarı ve Hücre Duvarı Arasındaki Farklar
- Mitoz ve mayoz arasındaki farklar nelerdir?
- Gen Ekspresyonu nedir? Replikasyon, transkripsiyon ve translasyon hakkında bildiklerinizi yazınız. Ökaryot ve Prokaryot hücrelerde santral dogma sürecinde ne gibi farklılıklar vardır?
- Hücre Teorisini açıklayınız.
- Hücre organellerinin görevleri nelerdir? bildiklerinizi yazınız.
- Crossing-over nedir? Önemi nedir? Mitoz ya da mayoz hangi evresinde görülür?
- FASTA dosya formatı hakkında bildiklerinizi yazınız? Diğer bildiğiniz veri formatları?
- BLAST nedir? BLAST Çeşitleri: blastx, blastn, blastp hangi koşullarda kullanılır? BLAST'ın kullanım amaçları nelerdir? BLAST sonuçlarında E-value ve Max Identity kavramlarını açıklayınız.
- Biyolojik veri tabanları: NCBI, Uniprot, Entrez, Expasy, Genbank, Protein data bank vs.
- Web araçları(web tools) olarak hangi platformları kullanıyorsunuz? Genom içi navigason ve kromozamal bölgeleri görmek için hangi platformu kullanabiliriz? (ENSEMBL platformu)
- İstenilen gen bölgesinin nükleotid dizisine nasıl ulaşabiliriz? (ENSEMBL platformu), GeneCards(Human Gene Database), NCBI
- SNP nedir? SNP'ler Nerlerde Kullanılır?
- Hedef SNP’in hastalık yapıcı özelliklerinin araştırılması için hangi araçları kullanırsınız? (ENSEMBL platformu), NCBI, dbSNP(Short Genetic Variations)
- Verilen bir genin sekansı, gen fonksiyonu ve protein sekansı nasıl bulunur?
- Homolog, ortolog ve paralog genler hakkında bildiklerinizi yazınız.
- Plazmid ve vektör hakkında bildiklerinizi yazınız?
- Protein yapısı hakkında bilgi veriniz. Proteinlerin birincil, ikincil, üçüncül ve dördüncül yapıları hakkında bildiklerinizi yazınız?
- DNA'nın Genetik Materyal Olduğunun Kanıtı hangi deney ya da deneylerle ispat edilmiştir.
- DNA Replikasyonunda 5' - 3' Ne Anlama Geliyor?
- Aday genin doğruluğunu kanıtlamak
- Haploid ve Diploid Hücre Arasındaki Fark Nedir?
- Melez Azmanlığı nedir? En çok hangi bitki ya da bitkilerde görülür?
- Işık mikroskobu ile elektron mikroskobu arasındaki farklar nelerdir?
- in vivo, in vitro ve In situ nedir?
- Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) hakkında bildiklerinizi yazınız. Real Time-PCR(qPCR) ile farkları nelerdir?
- Mendel yasaları? Mendel'den Sapmalar, Mendel neden model organizma olarak bezelye bitkisi üzerinde çalışmış olabilir?
- Model organizmalar hakkında bilgi veriniz. Araştırmacılar canlıları hangi özelliklerine göre model organizma olarak seçmektedirler?
- Kromozom Bozuklukları
- Poliploidi kavramı nedir? Örnek veriniz
- Hardy-Weinberg Dengesi nedir?
- Dengede olan bir popülasyonun özellikleri nelerdir?
- Allel frekansı nedir? Kısaca bilgi veriniz.
- Hardy-Weinberg'e göre Sapma Var mı? Yok mu? Örnek üzerinden Allel frekansları ve genotip frekanslarını ki-kare yöntemi ile hesaplayınız ve ki-kare tablosuna göre yorumlayınız.
- Seleksiyon, mutasyon, genetik drift, migrasyon, tercihli eşleşme(pozitift tercihli eşleşme, negatif tercihli eşleşme) ve izolasyon kavramlarını açıklayınız.
- Popülasyonda Allel frekansını neler etkiler? Hangileri lokal etki bırakır, hangileri tüm genomu etkiler?
- Genetik Çeşitlilik(Polimorfizm) neden önemlidir? Ne amaçla bilinmesi gerekir? Genetik çeşitliliği değiştiren etkenler nelerdir?
- F Kendileşme Katsayısı nedir? Nasıl yorumlanmalı?
- Biyoteknolojik Bitkilerin Kullanım Nedenleri
- En Popüler Genler hangileridir?
- Onkogen ve tümör baskılayıcı genler arasındaki ilişkiyi açıklayınız.
- DNA'nın Hücredeki İşlevi Nedir?
- DNA'nın farklı formalarını yazınız? Watson-Crick modeli olarak bildiğimiz B-DNA formunu tanımlayınız.
- DNA ve RNA dışında diğer genetik elementler nelerdir? (Organel genomları, virüs genomları, plazmit, transpozon vs.)
- Canlıların Sınıflandırılması
- Bitkilerin Sınıflandırılması
- Moleküler Genetik Alanına Temel Oluşturan Önemli Bilimsel Buluşlar
- İstatistikte kullanılan veri türleri nelerdir? Nicel veri, nitel veri, sürekli ve kesikli veri hakkında bilgi veriniz?
- Tip 1 ve Tip 2 hata nedir? Hipotez nasıl kurulur?
- P-value nedir?
- Moleküler markörler nelerdir? Bildiklerinizi yazınız.
- Normal dağılım nedir?
- ATP Nedir? Fosforilasyon ve Defosforilasyon hakkında bildiklerinizi yazınız.
- Fotosentez ve Kemosentez hakkında bildiklerinizi yazınız.
- Homozigot ve Heterozigot Nedir? Bildiklerinizi yazınız.
- DNA, Kromozom, Gen, genom, proteom ve transkiptom kavramlarını açıklayınız.
- Kod, Kodon ve Antikodon Nedir?
- Kodonlarda 3. harfin önemi?
- Semikonservatif DNA Replikasyonu hakkında bildiklerinizi yazınız.
- Bitki Islahı nedir?
- Descriptive Statistics (Tanımlayıcı İstatistik) terimleri(Aritmetik ortalama, mod, medyan, ranj, standart sapma, varyans, korelasyon vs.)
- Orak Hücre Anemisi ile birlikte nokta mutasyon kavramını açıklayınız.
- Tüm genomu bilmenin ne gibi faydaları olabilir?
- Fenotipi Neler Oluşturur? Fenotipi Neler Etkiler? Hem genetik hem kalıtılabilir olmayabilir mi? Additive etki, Dominans etki ve epistatik etki kavramları hakkında bildiklerinizi yazınız.
- Punnett karesi ve tetraploidlerde çaprazlama
- Biyoteknolojide kullanılan mikroorganizmalar hangileridir? (Virüsler, bakteriler, mayalar, küfler...). Bakteriler hakkında bildiklerinizi yazınız. Gram (+) ve Gram (-) bakteriler arasındaki farkı yazınız.
- Biyopolimerler hakkında bildiklerinizi yazınız.
- GWAS hakkında bildiklerinizi yazınız. Avantajları ve dezavantajları nelerdir? GWAS'da kullanılan genotip yaygın veri formatları nelerdir?
- QTL ve LD hakkında bildiklerinizi yazınız.
- Bitkilerde Gen Aktarımında Kullanılan Metotlar Nelerdir?
- Genom düzenleme teknolojileri, Bitkilerde genom düzenleme, CRISPR/Cas9, TALEN, ZFN, Meganükleaz
- Bitkilerin kalıtımında kalitatif ve kantitatif karakterler hakkında bildiklerinizi yazınız.
- Parametrik ve Parametrik olmayan testler arasındaki farklar nelerdir? Uygun İstatistiksel test seçimi nasıl yapılmalıdır?
- Standardizasyon ve Normalizasyon kavramlarını açıklayınız, hangi durumlarda bu yöntemler kullanılır?
- ANOVA(F testi)
- z-testi
- Ki-kare testi
- Student t-testi
- cDNA nedir?
- Hücre hücre etkileşimleri
- Transpozon hakkında bildiklerinizi yazınız.
- Çekirdek genomu ve Mitokondri genomu hakkında bildiklerinizi yazınız.
- Verilerin grafik olarak sunumu. Grafik türleri nelerdir? Normal dağılıma bakmak için hangi grafik türünü kullanırsınız?
- Temel linux(bash) komutları
cd,ls,mkdir, - Genotip veri formatları nelerdir? En popülerleri hangileridir?(HapMap, VCF, PLINK, Structure)
- Apoptosis (Apoptoz) Nedir? Programlı hücre ölümü süreci nasıl gerçekleşir? Apoptosis ve Necrosis arasındaki farklılıklar nelerdir?
- Domain ve metabolik yolak kavramlarını tanımlayınız.
- DNA Dizileme(sekanslama) hakkında bilgi veriniz. DNA dizilemeye neden ihtiyaç duyarız? Sekanslama yöntemleri nelerdir? Sanger, NGS, Whole genome sequencing, Whole exome sequencing, RNA-sequencing
- Mikroarray teknolojisi hakkında bilgi veriniz?
- Dizi hizalama(alignment) nedir? Sekans Hizalamaya Neden İhtiyaç Duyarız?
- Global ve Lokal Hizalama nedir? arasındaki farklar nelerdir? En bilinen algoritmalar hangileridir?
- Dizi hizalama(alignment) algoritmalarında boşluk cezalandırma neden kullanılır?
- Genom Birleştirme(Assembly), Gen Anotasyonu ve Gen Tahmini(Prediction) hakkında bildiklerinizi yazınız.
- Gen annotasyonu nedir? İmputasyon nedir?
- De novo dizileme nedir?
- Contig Nedir? Reads(kısa okumalar), Contig ve Scaffold arasındaki farklar nelerdir?
- STS(Sequence Tagged Sites) ve EST (Expressed Sequence Sequence Tag) ve nedir? Kısaca bilgi veriniz.
- TATA kutusu nedir? Nerede karşımıza çıkar? Açıklayınız.
- Rekombinant DNA Teknolojisi nedir? Kullanım alanlarına örnekler veriniz. Bakteriler arasında genetik madde aktarımı nasıl gerçekleşir?
- Bitki genetiğinde self-incompatibility ve male sterility kavramlarını açıklayınız
- Kendine döllenen ve yabancı döllenen bitkiler hakkında bilgi veriniz.
- GDO(Genetiği değiştirilmiş organizmalar)
- Kaç tip RNA vardır? Görevleri nelerdir?
- Deney tasarımı nasıl yapılır?
- Enzimlerin genel özellikleri nelerdir?
- Genetik Mutasyonların Sebepleri Nelerdir? Nokta mutasyon, çerçeve kayması vs...
- Bir birey en çok kime benzer? Anne mi, baba mı, kardeş mi?
- Regresyon ve korelasyon
- Veri imputasyonu yöntemleri nelerdir?
- SNP impütasyonu
- GBS Nasıl Yapılır?
- Alternative Splicing Nedir?
- Kullandığınız analiz programları (Structure, TASSEL, GenAlex)
- RNA İnterferans Nedir?
- Principal component analysis (PCA) nedir?
- Tek yumurta ikizi değillerse, iki kardeş birbirine neden benzemez?
- Bir gen susturulursa ne olur?
- Metabolik ağ modelleri ne amaçla kullanılır?
